Dopo la vittoria di Marengo, Napoleone decise di fare di Alessandria una delle trenta "bonnes villes" dell’Impero. Questo titolo, che esisteva già all’epoca della monarchia per onorare le più importanti città del regno, fu recuperarto da Napoleone che aggiunse alla vecchia lista alcune città del suo nuovo impero. Alessandria, per la sua vicinanaza a Marengo, fu annoverata fra le città predilette e costretta a modificare il suo blasone, aggiungendovi tre api d’oro e due M a ricordo della vittoria francese di Marengo. Alessandria venne nominata sede della Prefettura che trovò la sua collocazione nello storico palazzo Cuttica di Cassine, servito inizialmente come dimora dei generali napoleonici Chasseloup e Despinois. La città conobbe in questi anni una notevole trasformazione ed espansione edilizia. L’ampia piazza della Libertà, ancora oggi cuore della città, deve la sua attuale sistemazione all’abbattimento dell’antico duomo, voluto da Napoleone nel 1803 per far posto a una vasta piazza d’Armi. Il periodo napoleonico ebbe durata molto breve: già nel 1814 gli austriaci si impadronirono nuovamente di Alessandria. Dopo il fortunato intermezzo francese, si stava preparando per la città uno dei periodi più oscuri della sua storia, segnato dai moti insurrezionali del 1821 e dalla cospirazione mazziniana del 1833.