Nel 1440 Brescia tornò libera e sotto la sua giurisdizione vennero accorpate la Valle Camonica ed i territori della provincia. La tensione con Venezia ebbe fine solo quando il comune timore di un’invasione turca portò le due città a non disperdere le forze ed a siglare la pace di Lodi.
Nel 1508 però, Papa Giulio II decise di intervenire per contrastare la crescita della potenza veneta: alleato con Austria, Spagna e Francia, ingaggiò una battaglia contro l’esercito veneto e vinse; Luigi XII di Francia entrò in città e governò per quattro anni.
Nel 1512 scoppiò l’insurrezione, domata nel sangue dalle truppe francesi, svizzere e tedesche.
I francesi cedettero Brescia agli spagnoli che la occuparono prima che venisse siglato l’accordo; Venezia nel contempo si preoccupava di perdere Brescia per la sua posizione strategica e si alleò con i francesi per liberarla dagli spagnoli: dopo sei mesi Brescia fu libera dalla dominazione spagnola e Venezia si premurò di rinforzare tutte le difese logistiche della città.
Intanto eserciti mercenari e truppe straniere imperversavano per il nord Italia, saccheggiando ed uccidendo, e Venezia subì un lento decadimento. Brescia iniziò a desiderare l’indipendenza e la libertà, anche sull’onda degli ideali della Rivoluzione francese e nel marzo del 1797 scoppiò la rivolta: per otto mesi Brescia visse come una piccola repubblica indipendente e con il trattato di Campoformio fra Austria e Francia venne annessa alla Repubblica Cisalpina.