Cesare Borgia nacque a Roma il 13 settembre del 1475, secondogenito di Roderic Llançol de Borja (1431 – 1503), cardinale valenciano, nipote di Papa Callisto III, che, all’età di 25 anni, italianizzò il proprio nome in Rodrigo Borgia e, nel 1492, divenne pontefice con il nome di Alessandro VI, e di Giovanna de Candia dei Cattanei, soprannominata Vannozza (1442 – 1518), una nobildonna mantovana che fu amante di Alessandro VI dal quale, oltre al già citato Cesare, ebbe Giovanni, Lucrezia e Goffredo. Cesare fu spinto verso la carriera ecclesiastica dal padre.
Senza che avesse mai ricevuto gli ordini sacerdotali, il padre, nel 1491, lo fece nominare Vescovo di Pamplona e nel 1492 arcivescovo di Valencia, arcidiocesi che era già stata sua e prima ancora dello zio Callisto III. Dell’arcivescovado però Cesare non prese mai possesso, anche a causa della quasi immediata nomina a cardinale il 20 settembre 1493, e nel 1495 a governatore generale e legato di Orvieto.
Nell’inverno del 1499 i francesi, alleati con Venezia, scesero in Italia alla conquista del Ducato di Milano e Ludovico Sforza, vista l’alleanza fra il Papa, Venezia e la Francia non poté che fuggire da Milano e lasciare campo libero ai conquistatori. Forte del facile successo, il cammino dell’esercito francese (con Cesare Borgia come luogotenente del re) proseguì al di là del Po sino a giungere in Romagna, territorio a quel tempo sotto il potere temporale del papato. Alessandro VI, che era stato tenuto informato sulle manovre dell’esercito, inviò ai signori di Pesaro, Imola, Forlì, Faenza, Urbino e Camerino, una lettera in cui li dichiarava decaduti dai loro feudi, spianando così la strada alla conquista del figlio e regalandogli un intero principato.
Com’era prevedibile, nessuno obbedì all’ingiunzione del papa. La lotta si scatenò cruenta. Una prima spedizione in Romagna ebbe luogo il 21 novembre 1499, con un esercito costituito da fanti e mercenari di varie province e nazioni. Già l’11 dicembre Imola veniva espugnata. Nel gennaio successivo il duca di Valentino sconfisse Caterina Sforza, che per tre settimane si era asserragliata nella rocca di Forlì, al comando di 2.000 uomini. Nonostante l’ardore e il piglio da guerriera, Caterina fu fatta prigioniera e Forlì fu presa d’assedio dagli invasori, che si abbandonarono ad atti di violenza sulla popolazione. Una volta terminato il saccheggio, il duca si poté insediare in città, ospitato dal nobiluomo forlivese Luffo Numai, già consigliere di Caterina stessa.